Ferdinand von Bayern festigte als Erzbischof und Kurfürst von Köln die Vormachtstellung des Hauses Wittelsbach im Nordwesten des Reiches. Als Nachfolger seines Onkels Ernst übernahm er eine Vielzahl von Bistümern, darunter Münster, Lüttich, Hildesheim und Paderborn. Diese immense Ämterhäufung machte ihn zu einem der einflussreichsten Kirchenfürsten seiner Zeit und zum zentralen Pfeiler der katholischen Fraktion während des Dreißigjährigen Krieges.

Im Gegensatz zu seinem Vorgänger zeichnete sich Ferdinand durch eine strengere persönliche Lebensführung und einen tiefen religiösen Eifer aus. Er war ein entschlossener Förderer der tridentinischen Reformen und setzte sich intensiv für die innere Erneuerung der katholischen Kirche ein. Unter seiner Ägide wurden Jesuitenkollegien gegründet und die kirchliche Disziplin in seinen Diözesen gestärkt. Gleichzeitig agierte er als loyaler Unterstützer der kaiserlichen Politik und der Katholischen Liga, was seine Territorien jedoch zum Schauplatz schwerer kriegerischer Auseinandersetzungen machte.

Ein dunkles Kapitel seiner Regierungszeit stellen die intensivierten Hexenverfolgungen in seinen Herrschaftsgebieten dar, die er teils aktiv förderte. In der administrativen Verwaltung bewies er hingegen Weitsicht, indem er die landesherrliche Bürokratie modernisierte und die wirtschaftliche Basis seiner Bistümer zu stabilisieren suchte. Durch die frühzeitige Einsetzung seines Neffen Maximilian Heinrich als Koadjutor sicherte er die Fortführung der bayerischen Sekundogenitur in Köln über seinen Tod hinaus. Sein Wirken war entscheidend für die konfessionelle Landkarte Westfalens und des Rheinlands.