Franz Wilhelm von Wartenberg war eine zentrale Figur der Gegenreformation und einer der einflussreichsten Kirchenfürsten innerhalb des wittelsbachischen Beziehungsgeflechts. Als Sohn aus der Verbindung des bayerischen Prinzen Ferdinand mit Maria Pettenbeck entstammte er der morganatischen Linie der Grafen von Wartenberg. Trotz dieser herkunftsmäßigen Sonderstellung gelang ihm durch die gezielte Förderung seines Cousins, Kurfürst Maximilian I., ein beispielloser Aufstieg im Dienste der Kirche und des Reiches.

Seine kirchliche Laufbahn kulminierte in der Leitung mehrerer Bistümer, darunter Osnabrück, Regensburg, Verden und Minden. Als Administrator und späterer Bischof agierte er mit unnachgiebiger Strenge bei der Umsetzung der katholischen Reformdekrete. Besonders in Osnabrück verfolgte er eine Politik der konsequenten Rekatholisierung, was ihn zu einem profilierten Gegenspieler der protestantischen Mächte während des Dreißigjährigen Krieges machte. Sein Wirken war von dem Versuch geprägt, die geistlichen Territorien militärisch und administrativ für den katholischen Glauben zu sichern.

Ein bedeutender Höhepunkt seiner politischen Karriere war seine Teilnahme an den Verhandlungen zum Westfälischen Frieden in Münster und Osnabrück. Dort vertrat er mit Nachdruck die Interessen der katholischen Stände, musste jedoch die substanziellen Gebiets- und Einflussverluste seiner Bistümer hinnehmen. In Anerkennung seiner Verdienste um den Glauben und das Haus Wittelsbach wurde er schließlich in den Kardinalsstand erhoben. Sein Erbe ist eng mit der Barockisierung Regensburgs und der Festigung der bayerischen Präsenz in Norddeutschland verknüpft, wobei er stets das Ideal eines kämpferischen Kirchenfürsten der Barockzeit verkörperte.