Margarete von Bayern gehörte dem wittelsbachischen Fürstenhaus an als Tochter eines regierenden Herzogs von Bayern-München und einer Braunschweig-Grubenhagener Herzogstochter. Durch ihre Heirat mit einem Markgrafen von Mantua wurde sie Teil der oberitalienischen Herrscherfamilie Gonzaga; diese Verbindung war nicht nur familial, sondern förderte die politischen und wirtschaftlichen Kontakte zwischen den beiden Dynastien.

Innerhalb des mantuanischen Hofes nahm Margarete eine vermittelnde und repräsentative Rolle ein: Die dominierende Stellung ihrer Schwiegermutter prägte das Umfeld, in dem sie ihre Funktion als Markgräfin ausübte, und zeugt von den vielschichtigen Macht- und Familienstrukturen italienischer Fürstenhöfe jener Zeit.

Aus der Ehe gingen mehrere Kinder hervor, darunter ein Sohn, der die Regierung des mantuanischen Territoriums fortführte, sowie Töchter, die über weitere Heiraten in andere bedeutende Adelsfamilien eingebunden wurden. Diese Nachkommen verbanden die Linien der Gonzaga nicht nur mit anderen Fürstengeschlechtern, sondern trugen zur Kontinuität dynastischer Verflechtungen in Süd- und Mitteleuropa bei.

Margaretes Stellung im dynastischen Netzwerk des 15. Jahrhunderts reflektiert die Rolle ehelicher Allianzen als integrale Bestandteile aristokratischer Herrschaftspolitik: Durch ihre Heirat und die daraus hervorgegangenen Familienbindungen trug sie zur Sicherung und Erweiterung politischer Beziehungen zwischen dem süddeutschen und dem italienischen Adelsraum bei.