Magdalene von Bayern war eine Angehörige des Hauses Wittelsbach, in das sie als jüngste Tochter eines regierenden Herzogs und seiner Gemahlin aus dem lothringischen Hochadel hineingeboren wurde. Sie repräsentierte in ihren familiären Bezügen verschiedene Linien hochadeliger Verwandtschaften, die im frühneuzeitlichen Heiligen Römischen Reich politische und konfessionelle Rollen verknüpften. Als Mitglied einer dynastischen Großfamilie stand sie im engen Austausch mit Fürsten und Bischöfen, die unter den konfessionellen Spannungen ihrer Epoche agierten.

Im Rahmen dynastischer Heiratsverhandlungen wurde sie mit einem Pfalzgrafen von Neuburg verbunden, dessen territoriale Ansprüche und konfessionelle Identität durch diese Verbindung beeinflusst wurden. Ihr Ehebündnis wurde nicht nur als familiäre Allianz gesehen, sondern auch als Beitrag zur Rekatholisierung eines seit Generationen protestantisch geprägten Fürstentums; der Gemahl trat unter ihrem Einfluss zur römisch-katholischen Kirche über, was in der zeitgenössischen Politik der Gegenreformation von Bedeutung war.

Aus dieser Ehe ging ein Sohn hervor, der die Linie seines Vaters fortführte und durch seine Nachkommenschaft weitere Verbindungen zu anderen europäischen Fürstenhäusern knüpfte. Die ehelichen und familiären Netzwerke, in die Magdalene von Bayern eingebettet war, zeugen davon, wie Heiratsallianzen in adeligen Familien des 17. Jahrhunderts territorial-politische Interessen mit konfessionellen Zielsetzungen verbanden und dynastische Kontinuitäten sicherten.