Johannes III. Grünwalder nimmt eine Ausnahmestellung in der spätmittelalterlichen Kirchengeschichte Bayerns ein, da er als illegitimer Spross des Hauses Wittelsbach – sein Vater war Herzog Johann II. von Bayern-München – trotz kirchenrechtlicher Hürden in höchste geistliche Ämter aufstieg. Sein Lebensweg ist ein prägnantes Beispiel für das Spannungsfeld zwischen dynastischem Einfluss und den kirchenpolitischen Reformbewegungen des 15. Jahrhunderts.

Als promovierter Kirchenrechtler verfügte Grünwalder über eine fundierte akademische Basis, die er in den Dienst der Verwaltung des Bistums Freising stellte. Seine langjährige Tätigkeit als Generalvikar und Domdekan festigte seine Machtbasis in der Region. Ein zentraler Wendepunkt war seine Teilnahme am Basler Konzil, wo er als einflussreicher Diplomat agierte und zeitweise das Amt des Kardinallegaten bekleidete. In den langwierigen Auseinandersetzungen um die Besetzung des Freisinger Bischofsstuhls positionierte er sich als Kandidat des Domkapitels und des bayerischen Adels gegen die vom Papst favorisierten Bewerber.

Obwohl seine Anerkennung als rechtmäßiger Bischof von Freising erst nach langwierigen kirchenpolitischen Konflikten und unter dem Schutz seines Halbbruders, Herzog Albrechts III., erfolgte, prägte er die Diözese durch eine zielstrebige Verwaltung und die Förderung religiöser Reformen. Seine Regierungszeit gilt als Phase der Konsolidierung nach den Wirren des Schismas. Da er als „geborener Bayer“ und Mitglied der herzoglichen Familie wahrgenommen wurde, gelang ihm die Integration landesherrlicher und kirchlicher Interessen. Sein Grabmal im Freisinger Dom zeugt bis heute von seinem Selbstverständnis als bedeutender Kirchenfürst, der die dynastische Stärke der Wittelsbacher im geistlichen Gewand repräsentierte.