Johann II. war ein Mitglied des mächtigen Hauses Wittelsbach und prägte in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts die politische Landschaft Bayerns. Als jüngster Sohn Herzog Stephans II. von Bayern-Landshut wuchs er inmitten der dynastischen Auseinandersetzungen seiner Zeit auf, in denen die Wittelsbacher mehrfach über die Aufteilung und gemeinsame Regierung des Landes verhandelten und herrschten. 

Nach dem Tod seines Vaters regierte Johann zunächst gemeinsam mit seinen Brüdern Stephan III. und Friedrich. Innerhalb dieser Form der gemeinsamen Herzogsherrschaft war er zeitweise mitverantwortlich für die Verwaltungsterritorien des Hauses, wobei Oberbayern und Niederbayern aufgeteilt waren und sich immer wieder politische Spannungen zwischen den Linien ergaben. 

Im späten 14. Jahrhundert setzte Johann auf eine eigenständige Herrschaft innerhalb der wittelsbachischen Teilungen und trieb die endgültige Teilung des Herzogtums voran, wodurch er das Herzogtum Bayern-München etablierte. Diese Dreiteilung eröffnete ihm und seinen Nachkommen die Möglichkeit, München als Zentrum ihrer Herrschaft auszubauen und politisch gestärkt aufzutreten. 

Johanns Lebenswirklichkeit war geprägt von dynastischer Kooperation und Konkurrenz zugleich. In Auseinandersetzungen mit seinen Brüdern um Landesteilung und Macht hatte er ebenso seinen Anteil wie in innenpolitischen Spannungen, etwa im städtischen Umfeld Münchens. Seine Ehe mit Katharina von Görz führte zu mehreren Kindern, die später die münchner Linie der Wittelsbacher weiterführten und so das Erbe ihres Vaters im 15. Jahrhundert sicherten.