Maria Anna von Bayern, eine Tochter Herzog Albrechts V. und der Anna von Österreich, war eine zentrale Akteurin der katholischen Gegenreformation im innerösterreichischen Raum. Durch ihre Vermählung mit ihrem Onkel, Erzherzog Karl II. von Innerösterreich, festigte sie die strategische Allianz zwischen den bayerischen Wittelsbachern und den Habsburgern. Diese Verbindung war von hoher konfessionspolitischer Relevanz, da sie die Grundlage für eine kompromisslose Rekatholisierung der Steiermark, Kärntens und Krains legte.

An der Seite ihres Gemahls förderte Maria Anna massiv die Ansiedlung der Jesuiten und unterstützte die Gründung der Universität Graz, die als geistiges Bollwerk gegen den Protestantismus fungierte. Ihr Wirken war geprägt von einer tiefen Frömmigkeit und einer strengen religiösen Erziehung ihrer zahlreichen Kinder, unter denen sich der spätere Kaiser Ferdinand II. befand. Damit übte sie einen nachhaltigen Einfluss auf die künftige Ausrichtung der Reichspolitik aus, da Ferdinand II. die gegenreformatorische Linie seiner Mutter in den gesamten Herrschaftsbereich der Habsburger übertrug.

Nach dem Tod ihres Ehemanns behielt sie als Erzherzogin-Witwe eine einflussreiche Position am Grazer Hof. Sie widmete sich verstärkt wohltätigen Stiftungen und dem Ausbau religiöser Institutionen, wobei sie stets als Ratgeberin ihres Sohnes fungierte. In der Historiographie wird Maria Anna von Bayern als eine willensstarke Landesfürstin charakterisiert, die ihre dynastische Stellung konsequent in den Dienst der katholischen Erneuerung stellte. Ihr Grabmal im Mausoleum in Graz, das sie gemeinsam mit ihrem Gemahl bewohnt, unterstreicht ihre Bedeutung für die sakrale Topographie und die dynastische Repräsentation der Steiermark im Zeitalter des Barock.